В антропологическом изучении современных башкир и древнего населения Южного Урала целую эпоху составили работы известного советского ученого М. С. Акимовой. В своих исследованиях она наряду с новым массовым палеоантропологическим материалом раскопок различных археологических эпох привлекла и результаты новых антропометрических измерений современных башкир, а также данные по дерматоглифике и определению группы крови по системам АВО, собранные ею самой. Благодаря этому М. С. Акимовой представилась возможность дать первую реконструкцию эволюции расогенеза на Южном Урале на протяжении последних трех тысячелетий. На новом обширном материале она подтвердила правильность всех выводов по районированию башкир по антропологическим особенностям.
Однако при наличии этих общих признаков локальные особенности в антропологическом типе оказались весьма разительными. Так, например, М. С. Акимова считает, что к казахам ближе всех стоят северо-восточные башкиры по таким показателям, как крупные размеры головы и лица, пигментированность, у них меньшая длина тела и т. п. Однако близость сопровождается рядом отличительных особенностей, что позволяет четко их различить. Казахи по отношению к башкирам более темноглазы, темноволосы, у них четко выражена монголоидность, а северо-восточные башкиры по отмеченным признакам более европеоидны и ближе стоят к северо-западным башкирам, т. е. обнаружив ают общую близость. Эти же черты отличают их от хантов и манси. Несмотря на эти особенности, М. С. Акимова полагает, что в формировании физического облика зауральских башкир активное участие принимали племена южносибирского антропологического типа, который был основным в этногенезе казахов и киргизов. Пришлые племена центрально-азиатского характера на Южном Урале вошли в контакт с европеоидным населением, что привело к возникновению различий в антропологическом типе между указанной группой башкир и казахов.
Северо-западных башкир, испытавших меньшее влияние монголоидного населения, М. С. Акимова относит в основном к субуральскому типу, служившему общей основой в этногенезе удмуртов, мари, чувашей и волжских татар; в их составе она особо выделяет светлоглазую европеоидную группу. Она усматривает большую преемственную связь между современными северо-западными башкирами и местным средневековым населением, представленным черепами из Мавлютовского могильника (XVII в.), а через него с племенами I тысячелетия н. э. и рубежа н. э. Вопрос о времени перехода на Южный Урал людей центрально азиатского (сибирского) типа для М. С. Акимовой в какой-то мере остался открытым, хотя в ее распоряженпи имелся некоторый антропологический материал пз курганов северо-восточной Башкирии рубежа I и II тысячелетий. Население, оставившее эти курганы, имело ряд специфических черт, аналогии которым трудно найти в составе современных башкир, а также у казахов, бурят, тунгусов и манси. Оно отличается крупными размерами черепов и телосложения, развитым надбровьем, широким средне-высоким, несколько уплощенным лицом. Несмотря на некоторые колебания, М. С. Акимова склонна была видеть в этих людях пришлых тюркоязычных предков башкир, принесших основной антропологический признак северо-восточным башкирам.
М. С. Акимова на большом палеоантропологическом материале доказала, что на территории Южного Урала еще с эпохи неолита непрерывно обитали группы племен с четко выраженным европеоидным обликом. Для эпох ранних кочевников они представлены черепами из курганных могильников типа Старые Киишки, а во второй половине I тысячелетия — Кушнаренковского и Стерлитамакского могильников, Ново-Турбаслинских, Уфимских курганов. Последняя группа курганов показывает, что в пнтересующее нас время это европеоидное население, родственное по основным признакам салтовским племенам, было довольно многочисленным и оставило самые крупные памятники. По мнению М. С. Акимовой, как раз это местное европеоидное население служило основой, на которую впоследствии наслоились пришлые племена в Южной Башкирии.
Происхождение башкир привлекло внимание известного советского ученого В. П. Алексеева. Он, опираясь на материалы, названные выше, подтвердил правильность положения о том, что европеоидно-монголоидные антропологические типы в составе современных башкир восходят к местным компонентам, представленным соответственно старокиишкинско-кушнаренково-стерлитамакской и пьяноборско-бахмутинской сериями черепов I тысячелетия до н. э. и I тысячелетия н. э. В отношении происхождения ранних башкир В. П. Алексеев пришел примерно к таким же выводам, что и М. С. Акимова, а именно о средне-центральноазиатском или южносибирском происхождении того монголоидного; компонента, который вошел в состав башкир.