Во введении отмечалось, что почти каждый автор, в той или иной мере занимающийся изучением древней истории Южного Урала, высказывался по вопросу происхождения башкир. Многие работы по данной теме появились в тот период, когда не был выявлен весь круг письменных источников о ранних башкирах и делались лишь первые шаги по изучению археологии, этнографии, антропологии края, языка башкир. Это привело к появлению множества теорий, порой диаметрально исключающих одна другую. При этом оказалось, что вопрос этногенеза народа имеет социально-психологический аспект, который выражается во влиянии на процесс научного познания обычного сознания в форме упроченного представления объективных этнических явлений, в склонности к абсолютизации относительных этнических свойств, в тенденциозности их оценок и появлении предвзятых положений и т. д.
Сложность изучения вопроса происхождения башкирского народа в какой-то степени основана на том, что самые первые письменные источники о башкирах дают весьма противоречивые сведения. Подробное рассмотрение этих источников не входит в задачу данного исследования — она выполнена Р. Г. Кузеевым с исчерпывающей полнотой. Поэтому ниже мы остановимся на них лишь в той мере, насколько это необходимо для дальнейшего изложения. Этноним башкорт в исторической литературе впервые начинает встречаться с середины IX в. в трудах арабо-персидских авторов. К этому времени, в частности, относится путешествие в Северный Прикаспий некоего Саллама ат-Тарджемана, который в 27 днях пути от какого-то города в устье р. Волги встретил башкир. В этом источнике, сохранившемся в изложении другого багдадского автора — Ибн-Хордадбека, неточного упоминания — на востоке или на севере от города на Волге путешественник нашел башкир. Относительно локализации этих башкир существуют разные мнения, но несомненным остается одно — они находились в районе между Южным Уралом и Аральским морем.
Автор подробных сведений о башкирах Ибн-Фадлан (X в.) проезжал через их страву в районе Оренбургских степей. С его сообщением перекликаются данные Ал-Балхи, Идриси, которые знали башкир или в степном районе Южного Урала, или в горной его части. Все упомянутые источники вместе со сведетельствами крупнейшего историка XIV в. Рашид-ад-Дина недвусмысленно указывают на тюркоязычность башкир и на пребывание их в среде кочевых народов. В лингвистическом плане доказательно об этом говорит и крупный ученый XI в. Махмуд Кашгарский, отнесший башкирский язык к числу наиболее крупных тюркских языков. Наряду с этим другая группа письменных источников башкирские племена Х- -XIV вв. либо называет мадьярами либо отмечает близкое языковое их родство, а в некоторых из них говорится, что древние мадьяры вышли с территории Южного Урала (Ибн-Русте, Юшан, Плано Карпини, Гильом до Рубрук и др.) На основе столь противоречивых письменных документов в науке возникли и существуют поныне две основные теории — об угорском или тюркском происхождении башкир, подробно рассмотренные в специальных исследованиях. С целью выяснения общих точек соприкосновения и расхождений по данному вопросу попытаемся проследить, что дают для этого различные отрасли знаний.
Антропологический аспект. Общеизвестно, что объектом исследований антропологов является физический тип древних и современных народов. В отличие от быта, культуры и языка генное родство народов носит более стабильный характер и потому дает возможность вскрыть глубокие истоки происхождения современных народов, наметить основные этапы и особенности формирования их антропологического облика. Вследствие этого и выводы антропологов приобретают важное значение для изучения вопросов этногенеза. Антропология ввела в научный оборот обширный материал по характеристике физического типа современных башкир. Пионерами этого начинания были Н. М. Малиев, П. С. Назаров, Д. П. Никольский и другие ученые XIX — начала XX в., а самые крупные исследования принадлежат С. И. Руденко, проведшему антропометрические измерения около 2000 индивидуумов, фактически представлявших основные этнические группы башкир начала XX в. Привлекая материалы своих предшественников, С. И. Руденко в 1916 г. опубликовал труд, в котором дано наиболее полное исследование антропологического состава башкирского народа. Он пришел к выводу, что этнические группы башкир, представленные в прошлом родо-племенными объединениями, чрезвычайно различаются между собой по физическому типу, что говорит об участии в их происхождении разнородных компонентов.
По наиболее важным показателям С. И. Руденко объединяет башкир в три территориальные группы. К первой он отнес зауральских, восточных башкир (катайцы, табынцы, усергане, тангаурцы, бурзяне и др.), характеризующихся крупными размерами лица при короткоголовости, относительно широким лицом с выступающими скулами, низкорослостыо и хорошо выраженной пигментированностью. По отмеченным особенностям данная группа башкир, по мнению исследователя, ближе всех стоит к казахам, киргизам, а происхождение их тесно связано с центрально-азиатским антропологическим типом. Самостоятельную группу составляют северо-западные башкиры (танынцы, гайнинцы, булярцы, кыргизы и др.), отличающиеся от остальных смешанной или меньшей пигментированностью, умеренной короткоголовостью, узколицестью с меньшими размерами ширины лица и поперечного диаметра головы. Выделенную особенность северо-западных башкир С. И. Руденко объяснил как результат активного воздействия на их физический тип ближайших соседей — народов Прикамья (татар, удмуртов).
Третью группу (кипчаки, юрматынцы, минцы и др.) С. И. Руденко локализовал в центральной и юго-западдой Башкирии и поставил ее в промежуточное положение между первыми двумя: они средне пигментированы, короткоголовы, относительно высокорослых людей длинноголовых и высокорослых, а хорошо пигментированные люди территориально локализуются в основном на юге Башкирии. Из приведенного описания типов можно заключить, что для башкир в целом характерными являются: пигментированность, низкоросл ость с более или менее ярко выраженными монголоидными признаками, и по этим признакам они существенно отличаются от прикамских финно-угорских народов. С. И. Руденко не раз подчеркивал, что вопрос о происхождении отдельных антропологических групп в составе башкир нельзя решать до получения костных материалов из древних и особенно средневековых могильников Южного Урала. Но в последующем, при повторном издании своего труда «Башкиры», он вновь вернулся к этому вопросу, где априорно допустил вероятную большую преемственную связь башкир с ранними кочевниками Южного Урала: савроматами, иирками, тиссагетами, физический тип которых считал смешанным, т. е. с примесью монголоидного компонента.
Первый палеоантропологический материал с территории Башкирии, который был обработан Т. А. Трофимовой, получен при раскопках Стерлитамакского могильника. Судя по измеренным черепам, население данного могильника, хотя и имело некоторую монголоидную примесь, но принадлежало типично европеоидному типу, очень близкому по своим морфологическим особенностям захороненным в Верхне-Салтовском могильнике и в целом носителям салтовской культуры. Одновременно автором подчеркнута мысль об общей близости стерлитамакских черепов с черепами ранних кочевников Южного Урала, Нижнего Поволжья и Казахстана, что не исключает местного характера их происхождения.